江戸時代の明暦の大火後、当時はまだ江戸湾が入り込んでいました。

築地の埋め立て工事が行われましたが、荒波の影響で工事は難航。その最中のある晩、光を放ち海面を漂う御神体が見つかり、万治2年（1659年）、現在波除神社のある場所に社殿を建て祀りました。

すると、波が収まり埋め立て工事が順調に進んだことから、「波除稲荷」と尊称して厄除けなどの信仰を集めることとなりました。

「災難を除き、波を乗り切る」波除稲荷様として、災難除・厄除・商売繁盛・工事安全等の御神徳に崇敬が厚く、その後も益々大きく、当時の周辺の地であった築地も次第に開け現在のような繁華街に成長してきました。