在江戶時期的明曆大火發生之後，江戶灣受到大浪襲擊，嚴重影響正在進行填海工程的築地地區。在某個晚上，發現了一尊神像漂浮在明亮的海面上。萬治2年(1659年)時，在現在波除神社的位置上建造了神殿來祭祀之後，浪潮開始平息，工程也順利的進行。從此之後被信奉為可以免除厄運的「波除稻荷神」。

多虧了「去除災難，乘風破浪」的波除稻荷神，保佑這個地區免災除厄、商業繁榮、工程平安，在那之後築地也順利的發展成為現在這般繁華的景象。